干扰素在疫苗中作为佐剂的用途的制作方法

本发明总体上属于水产养殖疫苗领域。背景技术：1、水产养殖在生产方面已经经历巨大的增长，在1990-2018年期间增长>527％。2018年，水产养殖贡献了全球水生生物总产量的大约46％(1.79亿吨)和人类消费的海产品(鱼类、甲壳类动物、软体动物和其它水生动物，不包含水生哺乳动物、爬行动物、海藻和其它水生植物)的52％。2、商业水产养殖受到主要由细菌、病毒、寄生虫以及在较小程度上由真菌引起的传染性疾病的影响。细菌性疾病会造成重大的生物损失，从而造成经济损失。虽然这些通常可以用抗生素来控制，但由于细菌物种(其中一些也是人类病原体)之间耐药性机制的发展和转移，滥用这些药物最终会对人类健康构成威胁。3、鱼类疫苗接种可以预防或减轻疾病传播，并证明对许多相关病原体有效。设计更高效疫苗的障碍之一是缺乏合适的佐剂。最常用的是油包水乳液，但这种佐剂类型并不适用于所有疫苗。最近，已经报告，干扰素(ifn)与抵抗传染性鲑鱼贫血病毒(isav)的dna疫苗组合示出有效的佐剂活性。4、与哺乳动物一样，对病毒感染作出应答的不同鲑鱼i型干扰素(ifn-i)的表达取决于其启动子、病毒的性质以及细胞对核酸受体和干扰素调节因子(irf)的表达。虽然ifna主要显示局部抗病毒活性，但ifnb和ifnc示出全身抗病毒活性。另外，鲑鱼似乎具有若干种ifn-i受体，其在与不同ifn-i结合时示出选择性。ifn-i和受体的这种复杂性使得鲑鱼ifn-i的功能发生很大变化。5、需要进一步探索i型干扰素的免疫调节作用，以便设计更高效的疫苗来对抗大西洋鲑鱼和其他养殖鱼类的疾病。技术实现思路1、在第一方面，本技术提供一种核酸序列，所述核酸序列编码seq id no：6或seq idno：50或与seq id no：6或50至少95％相同的氨基酸序列，其中所述核酸序列与seq id no：1865-90％相同，或与seq id no：1965-90％相同，并且其中密码子频率保留在所述核酸序列中。在某些实施例中，所述核酸序列与seq id no：18或与seq id no：1970-79％相同。2、在某些实施例中，本发明的核酸序列中的至少40％密码子的频率与宿主的基因组中的相同密码子的频率偏差不超过30％，和/或本发明的核酸序列中的至少30％密码子的频率与宿主的基因组中的相同密码子的频率偏差不超过25％，和/或本发明的核酸序列中的至少25％密码子的频率与宿主的基因组中的相同密码子的频率偏差不超过20％。3、在某些实施例中，所述核酸序列与seq id no：20或seq id no：17至少90％相同、或至少95％相同、或至少99％相同或100％相同。4、在某些实施例中，由根据本发明的核酸序列编码的氨基酸序列与seq id no：6至少97％相同，或与seq id no：6至少99％相同。在某些实施例中，与seq id no：6中的对应的氨基酸不同的至少50％(或至少60％、或至少70％、或至少80％或至少90％)的氨基酸是保守取代。5、在某些实施例中，由根据本发明的核酸序列编码的氨基酸序列与seq id no：50至少97％相同，或与seq id no：50至少99％相同。在某些实施例中，与seq id no：50中的对应的氨基酸不同的至少50％(或至少60％、或至少70％、或至少80％或至少90％)的氨基酸是保守取代。6、在第二方面，提供了一种表达盒，所述表达盒包括在第二启动子的可操作控制下的根据第一方面的任何实施例的核酸序列。在某些实施例中，所述第二启动子是巨细胞病毒(cmv)立即早期增强子和启动子。在某些实施例中，所述表达盒进一步包括在第一启动子的可操作控制下编码抗原的核酸序列。在某些实施例中，所述第一启动子是巨细胞病毒(cmv)立即早期增强子和启动子。7、在某些实施例中，所述抗原属于病毒来源。在某些实施例中，所述病毒是非包膜病毒。在特定组的实施例中，所述病毒是鱼类心肌炎病毒(pmcv)和所述抗原是由orf-1编码的氨基酸序列或片段所述氨基酸序列，其中所述片段能够引发保护性免疫应答。8、在某些实施例中，所述抗原是seq id no：1或与其至少95％相同的氨基酸序列。9、在一些其它实施例中，鱼类心肌炎病毒(pmcv)orf-1抗原从n末端至c末端包括：10、a.与seq id no：34或seq id no：35至少90％相同、或至少91％相同、或至少92％相同、或至少93％相同、或至少94％相同、或至少95％相同、或至少96％相同、或至少97％相同、或至少98％相同、或至少99％相同或100％相同的序列；以及11、b.与seq id no：25-33中的任一者至少95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列，12、其中，13、i)所述鱼类心肌炎病毒(pmcv)orf-1抗原缺乏seq id no：15或与seq id no：15至少90％相同的序列；和/或14、ii)与seq id no：1相比，所述鱼类心肌炎病毒(pmcv)orf-1抗原包括内部缺失，所述内部缺失的长度为至少四个连续氨基酸。15、在某些实施例中，所述鱼类心肌炎病毒(pmcv)orf-1抗原与seq id no：11或seqid no：12或seq id no：46至少90％相同。16、在其它实施例中，所述抗原属于细菌来源，并且包括存在于所述细菌的外表面上的蛋白质，或能够引发保护性免疫应答的所述蛋白质的片段。17、在其它实施例中，所述抗原属于寄生虫来源，并且是来自鱼虱科(familycaligidae)的海虱的肠道的蛋白质。在某些实施例中，所述抗原包括seq id no：21或与其至少90％相同的氨基酸序列。18、在第三方面，本公开提供了一种载体，所述载体包括根据本发明的第二方面的任何实施例的表达盒。在某些实施例中，所述载体是病毒载体。在其它实施例中，所述载体是质粒载体。在一组优选实施例中，载体是ntc9385r(自然技术公司(nature technologycorporation))或其变体，如实例中所描述的。19、在第四方面，本公开提供了一种疫苗，所述疫苗包括根据本发明的第三方面的任何实施例的载体。20、在第五方面，本公开提供了一种保护鲑科鱼免受感染的方法，所述方法包括向有需要的鲑科鱼施用根据本发明的第四方面的任何实施例的疫苗。21、在某些实施例中，所述鲑科鱼选自由以下组成的组：大西洋鲑鱼(大西洋鲑(salmosalar))、虹鳟鱼(rainbow trout)(麦奇钩吻鲑(oncorhynchus mykiss))或银鲑鱼(cohosalmon)(银大麻哈鱼(oncorhynchus kisutch))。在一组实施例中，所述鲑科鱼是大西洋鲑鱼。22、在某些实施例中，所述鲑科鱼的重量介于约25与约200克之间，优选地介于约15与约200克之间。23、在第六方面，本发明提供了一种评估干扰素作为佐剂的效率的方法，其中所述方法包括：24、a)将编码干扰素的核酸序列转染到源细胞中；25、b)培养所述源细胞，其中所述干扰素分泌到源细胞培养基中；26、c)使经培养的靶细胞与所述源细胞培养基的至少一部分接触，其中所述靶细胞对干扰素作出应答而天然地表达mx基因；以及27、d)测量mx基因表达。28、在第七方面，本发明提供了一种确定编码相同i型干扰素的序列组中赋予更高效的表达的核酸序列的方法。