用于核苷酸测序的动态图形状态概要的制作方法

背景技术：1、近年来，生物技术公司和研究机构已经改进了用于测序仪和测序数据分析软件两者的硬件和软件，这些测序仪确定样品基因组(或其他核酸聚合物)的核苷酸片段读段，该测序数据分析软件分析此类核苷酸片段读段的碱基检出。为了便于管理测序，一些现有测序仪包括使测序仪显示交互式图形选项以启动和停止测序运行的机上软件。在测序运行完成后，此类机上软件同样可以使测序仪显示选项以查看相应测序运行的详细测序度量。除了机上软件之外，现有测序数据分析软件通常还在单独的计算设备上运行，以将核苷酸片段读段的碱基检出数据与参考基因组比对，并确定(以及描绘)与参考基因组不同的核苷酸碱基变体的数据。尽管此类机上软件和测序数据分析软件(统称为“现有测序管理系统”)提供了启动和停止测序运行或查看测序数据分析结果的有用选项，但是现有测序管理系统(i)生成描绘单独的测序仪过程和单独的测序数据分析过程的有限的或误导性的图形网格，以及(ii)对于测序仪和测序数据分析中的样品，限制端到端测序过程的功能和控制。2、例如，从整体观点来看，现有的测序管理系统通常提供具有基因组样品的端到端测序过程的有限的或误导性的快照的图形用户界面。出于说明，一些现有系统提供仅具有关于样品测序过程和相应分析的部分信息但省略了关于此类过程和分析的关键信息的图形用户界面。类似地，一些现有系统仅提供单独的图形用户界面，这些图形用户界面描绘了在一个计算设备上的测序运行的各方面以及在单独的计算设备上的对应变体信息的各方面。但是这些现有的和单独的图形用户界面隔离了关于测序运行和对变体进行测序数据分析的信息，从而混淆了重点并且限制了对端到端测序过程的控制。3、除了具有隔离的图形信息和有限的功能的图形用户界面之外，现有测序管理系统还提供了误导性的图形，这些误导性的图形省略了关于基因组样品的端到端测序过程的关键信息或者将此类关键信息隐藏在不同图形用户界面的层后面。例如，在一些现有图形网格中，现有系统提供了关于测序运行和对变体进行对应次级数据分析的一般化图形。但是常规测序图形未能指示在测序运行后或在对应的测序数据分析后的某些点处何时发生错误或故障。由于未能指示此类错误，因此现有系统通常无法提供对具有多个潜在故障点的测序过程的可见性。4、不同于省略或混淆关键信息的图形网格，现有测序管理系统通常生成没有对应功能或功能有限的可选择选项的图形用户界面。为了访问与测序运行或变体的对应测序数据分析相关的某些工具，例如现有系统要求用户：在测序运行和测序后数据分析阶段之间的特定阶段跨多个图形用户界面进行导航，或者从完全不同的软件程序启动图形用户界面。5、这些问题和难题，连同附加的问题和难题存在于现有的测序管理系统中。技术实现思路1、本公开描述了解决一个或多个上述问题或提供优于现有技术的其他优点的系统、方法和非暂态计算机可读存储介质的一个或多个实施方案。具体地，所公开的系统可查询端到端测序过程中的各个阶段的状态并且生成用于该测序过程的图形状态概要，该图形状态概要描绘了指示各个阶段的状态的图标。例如，所公开的系统可生成用于核苷酸测序任务集的图形状态概要，该图形状态概要包括描绘以下项的状态的图标：测序运行、碱基检出数据向用于变体分析的设备的数据转移以及变体分析——相同核苷酸测序任务集的每个部分。通过与用于读取数据的测序设备和用于变体分析的一个或多个服务器交换数据，所公开的系统可快速地提供由核苷酸测序任务集内的各种任务标记的端到端测序过程的图形状态概要。根据描绘用于活动核苷酸测序任务集的图形状态概要的图形用户界面，所公开的系统还可以使计算设备显示可选择选项，以用于查看各个阶段的更详细概要或者用于在给定核苷酸测序任务集的特定阶段进行干预。2、本公开的一个或多个实施方案的附加的特征部和优点将在随后的描述中阐述，并且部分地将从该描述中显而易见，或者可以通过此类示例性实施方案的实践获知。技术特征：1.一种系统，所述系统包括：2.根据权利要求1所述的系统，所述系统还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：3.根据权利要求1所述的系统，所述系统还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：4.根据权利要求1所述的系统，所述系统还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：5.根据权利要求1所述的系统，所述系统还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：6.根据权利要求1所述的系统，所述系统还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：7.根据权利要求1所述的系统，所述系统还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统提供所述图形状态概要以供在所述测序设备、连接到本地服务器的本地计算设备或经由网络连接到所述服务器的外部计算设备上显示。8.一种包括指令的非暂态计算机可读存储介质，所述指令在由至少一个处理器执行时使得系统：9.根据权利要求8所述的非暂态计算机可读存储介质，所述非暂态计算机可读存储介质还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统通过确定在所述测序运行期间生成的碱基检出数据从所述测序设备到所述本地服务器的转移的状态来确定所述数据分析转移的所述状态。10.根据权利要求8所述的非暂态计算机可读存储介质，所述非暂态计算机可读存储介质还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：11.根据权利要求8所述的非暂态计算机可读存储介质，所述非暂态计算机可读存储介质还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：12.根据权利要求8所述的非暂态计算机可读存储介质，所述非暂态计算机可读存储介质还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：13.根据权利要求8所述的非暂态计算机可读存储介质，所述非暂态计算机可读存储介质还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：14.根据权利要求8所述的非暂态计算机可读存储介质，所述非暂态计算机可读存储介质还包括指令，所述指令在由所述至少一个处理器执行时使得所述系统：15.一种方法，所述方法包括：16.根据权利要求15所述的方法，其中确定所述状态包括：17.根据权利要求16的方法，其中提供用于所述核苷酸测序任务集的所述图形状态概要，包括提供以下项以供在所述活动测序界面内显示：18.根据权利要求15所述的方法，所述方法还包括：19.根据权利要求15所述的方法，所述方法还包括：20.根据权利要求15所述的方法，所述方法还包括：技术总结本公开描述了可查询端到端测序过程中的各个阶段的状态并且生成用于该测序过程的图形状态概要的方法、非暂态计算机可读介质和系统，该图形状态概要描绘了指示各个阶段的状态的图标。例如，所公开的系统可生成用于核苷酸测序任务集的图形状态概要，该图形状态概要包括描绘以下项的状态的图标：测序运行、碱基检出数据向用于变体分析的设备的数据转移以及变体分析——相同核苷酸测序任务集的每个部分。通过与用于读取数据的测序设备和用于变体分析的一个或多个服务器交换数据，所公开的系统可快速地提供由核苷酸测序任务集内的各种任务标记的端到端测序过程的图形状态概要。技术研发人员：J·沃德,R·康斯坦斯,M·斯木特,M·贝奥里斯,A·法兰奇受保护的技术使用者：因美纳有限公司技术研发日：技术公布日：2024/8/15